營養物、環境條件的改變以及環境污染都會對微生物群落產生協迫，群落的結構會有相應的改變，這實際上反映了環境對群落的選擇。這種選擇原理是我們富集特定生理功能微生物的重要理論基礎，例如，向生活污水投加表面活性劑，使其濃度從低到高達到“定水平，最后生活污水中的表面活性劑降解菌會成為優勢菌，而易于從其中分離
種多樣性、垂直結構、水平結構和優勢種是表征群落結構的重要參數。種多樣性可以用“多樣性指數” (diversity index) 來表示，多樣性指數是以群落組成結構中種的數量和各個種的個體數量的分配有一定的特點為依據而設計的一種數值指標，種類數越多或各個種的個體數分配越均勻，則種多樣性指數值就越大，反之，種多樣性指數值就越小。
垂直結構是不同種群在垂直方向上的排列狀況，垂直分布是種群間及種群與環境之間相互關系的一種特定形式，因此生境中的任何一個群落均有其本身的垂直結構。水平結構主要反映隨著緯度的變化而產生的大氣溫度的變化，微生物在不同溫度環境下而形成不同的結構。在任何群落中，組成群落的各個種群所表現的作用是不同的，所以群落中的各種種群不具有同等的重要性。其中有部分種群，因其數量、大小或活性而在群落中起著主要的控制作用。這些對群落和環境具有決定性意義的種群稱為優勢種群。
生態位是生物個體、種群或群落所占據的具有時空特點的位置。微生物的群落結構受到生態位的生物和非生物環境的嚴格選擇，因此群落的組成實際上是生態位的狀況的真實反映。一定生態位上的微生物群落也是長期的適應性進化的結果。反芻動物和非反芻動物，都能食纖維素，經過長期的適應進化，它們的消化器官內都有相似的以能分解纖維素的細菌、真菌為主的微生物群落。
群落是一定區域內或一定生境中各種微生物種群相互松散結合的一種結構和功能單位。這種結構單位雖然結合松散，但并非是雜亂的堆積，而是有規律的結合，并由于其組成的種群種類及特點而顯現出一定的特性。任何微生物群落都是由一定的微生物種群所組成，而每個種群的個體都有一定的形態和大小，它們對周圍的生態環境各有其一定的要求和反應，它們在群落中處于不同的地位和起著不同的作用。一定生境條件下的微生物群落具有相應的生態功能，結構和功能緊密相連。一個種群有多種生理功能，多個種群組合成一個群落完成一種生態功能。
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