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中國農業微生物菌種保藏管理中心目前保藏菌種8千余株，加上國內其他單位保藏的農業微生物菌種估計也不過2萬余株。而美國農業部的農業菌種保藏中心(NRRL)現有菌種8萬株。我們保藏的菌種數量與國際上較好的菌種中心無法相比，也與我國豐富的微生物資源蘊藏量不相適應，更無法滿足我國農業微生物研究及微生物產業對菌種資源的需求。
菌種庫庫藏菌種多樣性不夠
我國微生物資源豐富，僅已知的真菌就有10000種，占世界已知真菌種數的十分之一，占我國估計真菌種數的4％，這些真菌大部分均與植物相關。2005年版的《中國農業菌種目錄》中，包括細菌、放線菌、酵母菌、絲狀真菌和大型真菌，共有252屬716種(亞種或變種)[1,2]。可見，已收集保藏的微生物菌種只是很少一部分，很多與農業生產相關的重要種類尚未收集保藏。
對庫藏菌種性狀的評價不夠
由于過去菌種資源的管理工作不夠規范，缺乏統一的、較完善的信息記錄，也因為實驗條件及研究力量的不足，對庫藏菌種的研究不夠，缺乏重要性狀的評價，因而庫藏菌種資源的信息不夠豐富，不利于菌種資源的進一步開發和利用。
我國農業微生物菌種資源的家底仍不夠清楚
近幾年在國家自然科技資源平臺項目的資助下，經過對菌種資源的整理整合，已經初步摸了家底，但因涉及工作量大，短期內尚難以完全理清，對我國農業微生物菌種資源的家底仍不夠清楚。
菌種資源管理體系不完善
分散保藏于各有關單位的農業微生物菌種資源共享機制尚不健全，缺乏相應的政策或機制保障，這些分散保藏、無專人管理的菌種資源隨時可能會喪失。同時，缺乏相應的法規，國際交往中也常造成菌種資源流失。
農業微生物菌種資源保藏管理設施薄弱
作為國家級的中國農業微生物菌種保藏管理中心庫藏容量較小、設施較為落后。專職的菌種保藏科技隊伍較為薄弱。
菌種資源的開發與利用中存在的問題與差距
菌種資源的應用基礎研究不夠，缺乏對功能微生物菌種發揮作用的內在機制、與其他物種及環境間的互作關系的深入認識，致使產品性能不強、效果不穩。
缺乏新菌株、新基因和新物質的大規模高通量篩選鑒定技術平臺，資源挖掘效率低，很多特殊生境和特殊功能微生物資源的研究尚剛起步。
從事農業微生物產品生產的企業多數小而散，技術力量薄弱，菌種改良和新產品創制能力較差，生產條件和工藝落后，產品功能單一、質量不穩定，產品市場競爭力弱。
生產者和一些管理者對于食品安全生產和農業可持續發展還沒有足夠認識，只看眼前而不顧長遠，生產中更偏愛用化肥、農藥等化學品。
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