菌種是指食用菌、工業菌、農用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種是從事微生物學及生命科學研究的基本材料，在醫學領域中，診斷制品的制備，菌苗的生產、微生物致病性研究，藥物的抑菌試驗及藥品微生物檢驗等都有一套完整的菌種菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。
用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來源于自然界大量的微生物，從中經分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產。
菌種的概念
一,菌種的概念 原意是指孢子(相當于植物的種子) ,但在實際生產中,常將經過人工培養的純菌絲體連同培養基質一同叫做菌種.
二,菌種的類型 在生產中根據菌種的來源,繁殖代數及生產目的,把菌種分為母種,原種和栽培種.分別叫一級種,二級種,三級種.
母種:將純菌絲體或孢子在試管培養基中繁殖而成.可以繁殖原種,也適宜菌種保藏.
原種:母種菌絲在固體培養基上繁殖而成.這一過程增強菌絲對培養環境的適應性,又起到擴繁的作用.原種可以直接出菇.
栽培種:由原種擴繁而成.主要是為了擴繁,為生產提供足夠的菌種.
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